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Le Collège National des Pédiatres Universitaires (CNPU) rassemble l'ensemble des MCU-PH et PU-PH de Pédiatrie sur le territoire. Il se réunit tous les ans depuis 1997, le premier vendredi de janvier à Paris. Le journal officiel du 29 mai 1999 portait la déclaration officielle de cette instance. Il compte aujourd’hui près de 200 membres.
Tous les enseignants de pédiatrie sont membres de droit ; les enseignants de discipline proche de la pédiatrie, comme par exemple la Biologie du Développement, peuvent demander à titre individuel une adhésion en tant que membre associé.
Il travaille en étroite collaboration avec les coordonnateurs du DES de Pédiatrie des 7 InterRégions, la société francaise de pédiatrie (qui regroupe toutes les surspécialités de la pédiatrie), le Conseil National Professionnel de Pédiatrie (CNPP) et le syndicat des internes pédiatres (Association des Juniors en Pédiatrie).
Le Collège est dirigé par un bureau exécutif de 8 membres élus par les membres de droit du Collège, pour un mandat de 2 ans, renouvelable une fois. Le président du CNU de Pédiatrie et le Président de la Société Française de Pédiatrie assistent aux réunions du bureau.
Ce collège a pour but une réflexion stratégique sur l’évolution de la Pédiatrie Hospitalo-Universitaire, l’Enseignement et la Recherche en Pédiatrie.
Il contribue à l’organisation de l’Enseignement et au développement de la Pédiatrie, au cours de la formation initiale, avec notamment la publication d'un livre de référence pour les ECN (Collection "les référentiels des collèges). Il a participé à l'élaboration de la maquette du DES et du syllabus de Pédiatrie. Le Collège s'implique dans les réformes des 2ème et 3ème cycle.
Il participe activement à la Coordination Nationale des Collèges Enseignants, et s’implique dans les groupes de travail (E-learning; E-carnet; Enseignements transversaux; Evaluation des compétences; Démographie)