Le CNPU agit en étroite collaboration avec
- la sous-section 54-01 du CNU Santé,
- la Coordination des collèges de médecine (CNCEM)
- les coordonnateurs du DES de Pédiatrie des 7 InterRégions,
- la Société francaise de pédiatrie (SFP), et ses groupes de spécialités
- le Conseil National Professionnel de Pédiatrie (CNPP).